分子記述子 BigSMILES｜高分子を記述するための構造ベースの線形表記法
BigSMILESはSMILESの構文にいくつかのルールを追加した線形表記法です。この記事では、BigSMILESの表記ルールを説明します。BigSMILESは、メモリのコンパクトさ、コンピューターによる取り扱いやすさ、幅広い適用性など、S...
化学とAI
分子記述子 
化学とAI 化学にAI革命を起こす方法｜論文データ抽出、自動実験ロボット、オープンリポジトリ
世界には、ChatGPTに代表される生成AIなど、AIがシンギュラリティを超えて発展しすぎることを心配している人がいます。一方で化学の世界はAIが発展しすぎている状況ではなく、むしろ化学はAI革命に乗り遅れています。化学の分野でAIを活用し...
マテリアルズインフォマティクス 化学データベース一覧（約50種）｜化合物の構造、物性値、計算値、反応データベース
マテリアルズインフォマティクスを実践する上で何より重要なものはデータです。そのため、各分野でデータベースが充実されつつあります。この記事では、代表的なデータベースを紹介します。マテリアルズインフォマティクスのためのデータベースは４種類に分け...
マテリアルズインフォマティクス 【理論編】マテリアルズインフォマティクスとは？ 従来型研究開発の違いを分かりやすく説明
マテリアルズインフォマティクス（MI）とは？マテリアルズインフォマティクスは、データをもとに統計的な手法を利用した精度の高い材料の物性の予測や、目標とする物性の材料の予測によって、従来の実験科学的な手法をサポートして材料開発を高速化・効率化...
マテリアルズインフォマティクス 【実践編】マテリアルズインフォマティクスの具体的な手順をわかりやすく説明
ねこマテリアルズインフォマティクスってどうすればできるの？けむさんマテリアルズインフォマティクスの手順をわかりやすく説明しますマテリアルズインフォマティクスの手順の概要マテリアルズインフォマティクスには順問題と逆問題の２種類があります。順問...
分子記述子 ニューラルグラフフィンガープリント（Neural Graph Fingerprints）
ニューラルグラフフィンガープリント（Neural Graph Fingerprints）はサーキュラーフィンガープリントの一種です。同じサーキュラーフィンガープリントにはECFPがあります。ECFPは前のレイヤーのarrayを次のレイヤーの...
分子記述子 ECFPフィンガープリント（Extended-Conectivity Fingerprints）の生成プロセス
ECFPはサーキュラーフィンガープリントの一種です。この記事では、分子記述子のひとつであるECFPについて、意味や生成プロセスを説明します。ECFPは構造活性相関のための分子記述子として広く利用されています。その生成プロセスを知っておくと、...
分子記述子 分子記述子一覧｜分子フィンガープリント molecular fingerprint
分子記述子とは何でしょうか？ いったい何に使うものでしょうか？分子記述子は化学構造の特徴をベクトルで表現したものです。化合物の類似性を比較する場合や、マテリアルズインフォマティクスで化合物の物性予測をする場合などに使用します。化合物の特徴の...
化学とAI 化学構造式をInChI表記やInChI Keyに変換する4つの方法
通常、化合物は複数の名前の付け方ができます。例えば「CH3COOH」は、慣用名の酢酸（Acetic acid）と系統名のエタン酸 （Ethanoic acid）のどちらの表現も正しいです。ただ、化合物のデータベースを作る際は化合物と名前が1...
化学とAI 化学構造式をSMILES表記に変換する4つの方法
化学において機械学習を利用する場合、化学構造式をSMILES表記に変換し、モレキュラーフィンガープリントとして利用して学習させることがあります。また、各国の化学品管理で化合物を登録する際に、化合物名やCAS番号とともにSMILES表記を記入...